霉菌性阴道炎根据典型的临床表现及目检阴道排泄物来进行诊断，通常并无困难。但对非典型病例为了证实诊断，凡疑为带霉菌者，或了解治疗效果必须作阴道分泌物检查。
可直接取阴道分泌物置玻片上，加一小滴等渗氯化钠溶液或10%～20%氢氧化钾溶液加盖玻片，微加热镜检，红白细胞及上皮细胞立即溶解，而霉菌即以线样纤维或菌丝体（mycelia）的形式显示，并有微芽或分子孢子（conidia）贴附但此法可靠性较低（60%）。
如取阴道分泌物涂片经革兰染色，镜下可找到成群革兰阳性浓染的卵圆形孢子或可见到假菌丝与出芽细胞相连成链状或分枝状，容易辨认，可靠性可提高至80%最可靠的方法是进行霉菌培养。
此外，亦要注意相关的诱因如有应用大剂量甾体激素或广谱抗生素史，及糖尿病患者需做尿糖及血糖检查等。
